Если нажать "Merge", откроется трёхпанельное окно - лично мне работать с ним неудобно. Поэтому я обычно выбираю "Theirs", а затем через более привычный двухпанельный diff ( с историей, с предыдущим коммитом или чем-то ещё ) отсматриваю и применяю правки.
