Суть еще может быть в том, что Метрика и Аналитика по-разному ведут свои подсчеты, так что разница в статистике есть всегда.
Более того, важно то, где стоит код этих систем. Аналитику обычно ставят в <head>, в то время как Метрику - в <body>. Соответственно, если страница только начала загружаться, но не загрузилась полностью, и человек ушел с нее, Метрика, скорее всего, не зафиксирует его, а Аналитика зафиксирует.
В общем, разница между этими двумя системами - это уже скорее риторический вопрос)))