"Секюрности" незначительно, но добавляет.
Так же немного улучшает "управляемость".
Плюс нужно понимать, что админ, если это не целый коллектив профи, не может быть до конца уверен в своих компетенциях по всему спектру технологий и будет больше полагаться на те технологии которые лучше понимает. Вероятно в mikrotik он чувствует себя увереннее.
Допустим все порты открыты и пользователь использует условный jabber, через него происходит что-нибудь не хорошее. Абсолютно не важно, что, но руководство не довольно, кто плохой, админ.
Допустим админ доступными методами все перекрыл, а пользователь обошел эти методы и произошло, что-то не хорошее, кто плохой, пользователь. А на вопрос, почему это нельзя было заблокировать, ответ, даже у гос-ва заблокировать телеграмм не вышло, куда уж нам.