Так может скрипт отрабатывает? Вы же .py запускаете в консоле и видите результат там? Вангую что скрипт запускается, открывает консоль, отрабатывает, выдаёт результат в неё и сразу же закрывает консоль. Либо добавьте в скрипт ожидание ввода пользователя, чтобы консоль закрывалась только когда это захочет пользователь, либо сделайте вывод результата в файл.
И, не имея исходного кода скрипта - точнее сказать невозможно.