Greg Popov, если нет снепшота - значит, бекапить изнутри. Дампить базу, конфиги, прочие файлы. Бэкапы версионировать, хранить хотя бы несколько последних.
Если есть возможность сделать снапшот - бэкапить средствами бэкапа виртуалок. Если это bare-metal сервер - ну, либо dump/restore либо другая бэкапилка, работающая внутри системы. Восстановление правда в таком случае будет более медленное.
Это очень коварный вопрос. Само по себе бэкапирование - это безсмысленная операция если нет четкого сценария ЧТО мы бекапим и КАК мы это дело будем поднимать. Ведь бэкап это тупо набор файлов. Образов или логических копий файлов. Поэтому успех этого мероприятия будет зависеть не от того берем мы rsync или tar или еще бох знает что. А от того какая конфигурация дисков на резервной железке. Какие ендпоинты надо поднять. И надо-ли вообще бэкапить всё? Для серверов приложений например на базе Tomcat/JBoss вам достаточно забэкапить только каталог приложений и настройки и возможно OS environment. Для баз данных там еще все запутаннее. По Oracle RMAN написана книжка размером с пятикнижие Моисея. Вобщем совет автору не бэкапить а провести сценарий полной инсталляции продукта в новое место. Оттуда и появится инструкция по техологии плановых бэкапов только нужный вещей.