Если в тот момент, когда выходит сообщение об отсутствии лицензии, у вас есть другие пользователи, которые продолжают работать в программе, то это значит что лицензия НЕ слетает, а исчерпано количество подключений.
Скорее всего проблема в том, что при выходе из программы лицензия не освобождается и при новом входе используется ещё одна лицензия. И так до тех пор, пока не будут исчерпаны все N лицензий. Сбросить все занятые лицензии помогает перезагрузка агента 1с. Причин может быть много, если например, используется RDP, то бывают проблемы с процессом печати. Для решения можно уменьшить таймаут завершения и добавить проблемный процесс в список автоматически завершаемых при завершении терминальной сессии. Подробнее есть
тут, но проблема может быть и в другом.