Пишется обработка на языке 1с делающая необходимые действия - получение информации из регистров сведений, их изменение, и.т.д.
После чего она просто запускается - вызываете из командной строки 1cv8.exe с параметрами передавая путь к этой обработке.
В результате база запускается, и выполняется обработка.
Как запустить программу на удаленном компьютере - это уже другой вопрос. Если домен, то можно использовать средства AD.
Если нет - да кучу вариантов можно придумать, в тот же планировщик задачу можно закинуть.
Так же можно опубликовать базу и открывать ее удаленно в браузере.
Так же можно опубликовать веб сервисы и делать запросы напрямую к базе.
В общем вариантов куча.
А какой выбрать это надо смотреть по задаче -как часто делать надо, с каждой базой персонально работать, или всем одинаковые настройки грузить, есть ли возможность опубликовать базу - белый адрес, и все такое.