Сергей delphinpro, да понятно, что так нужно было сделать. Но как-то увлекся.
А трабл был в модуле link-module-alias. Он предупредил, что нельзя задавать "@" в качестве алиаса и что это известная проблема. Но, оказывается, вообще без разницы, какой алиас, просто удаляет всё, что линкуется при запуске npm install/uninstall.