1. Заполненная форма превращается в документ (пофиг какой: .txt, .pdf, .odt,..)
2. пользователь скачивает документ
3. подписывает его с помощью любого оффлайнового ПО
4. заливает на сайт подписанный документ.
Отмазка: метод не претендует на оптимальность. Наверняка, можно сделать удобнее и правильнее. Это просто чтобы был хоть какой-то вариант для начала.