Скорее всего, проблема была в некорректной «упаковке» аудио и видео в контейнер AVI – которая нормально читалась локальными плеерами, но скрипты YouTube поперхнулись при оптимизированной переконвертации и появился рассинхрон.
Сообщение
[avi @ 000000000043f780] non-interleaved AVI
означает, что в AVI файле отдельно записано всё видео одним куском, потом отдельным сплошным куском всё аудио. А задумаывалось, чтобы они часто чередовались, и плеер считав в буфер кусок, мог проиграть видео и соответствующее ему аудио сразу.
Помогла локальная переконвертация с помощью ffmpeg:
ffmpeg -i 01.avi -c:v libx264 -c:a aac 01_youtube.mp4