В первом варианте траст домена будет влиять на региональные страницы и изменения вносить будет легче.
Про второй: вроде как отдельные домены лучше для продвижения и менее рисковы к санкциям, можно больше экспериментировать, но и работы по построению ссылок и т.д. в 2 раза больше.
Как лучше переводить первый вариант на второй, чтобы ничего не наделать?
Скажем в первый месяц site.com 301 редиректом отправлять на site.com/en
Во второй месяц site.es 301 на на site.com/es
В третий месяц site.de 301 на на site.com/de
Это безопасно?