Запрос поочерёдно сравнивается с шаблонами в RewriteRule и при первом же совпадении выполняется перенаправление.
Первое правило
RewriteRule .* index.php
Шаблон
.*
совпадает с любой строкой, так что запрос
/event/test.php
будет перенаправлен на index.php в корне сайта.
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP:X-Forwarded-proto} !^https$
RewriteRule (.*) https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [R=301,L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule .* index.php [L]
И еще в этой же папке лежит скрипт php который запускается через cron и всё прекрасно работает.
Вероятно, в cron напрямую запускается php cli, а не запрос через веб-сервер.