Ни на сколько :) Это одна и та же система. И потом оптимизирована - где? Во вводе-выводе, в графике, в вычислениях? Ваш вопрос - он без деталей в общем-то лишен смысла :) Вся разница между bare-metal системой и виртуалкой в том, что первая имеет прямой (ну как прямой - через дрова) доступ к железу, а вторая для этого использует виртуальные дрова (на некоторые вещи есть паравиртуальные дрова - типо заглушки, отдающие работу настоящим хостовым дровам). И все.
Но это имеет существенное значение только для игр.