Была такая проблема что тупил, решил это, когда ставил макось с нуля, зашел в дисковую утилиту, отформатировал, далее сделал проверку диска и поиск неисправностей. Установил ось и включил режим TRIM (обязателен для SSD) - включается он через терминал, sudo trimforce enable, дальше два раза подтверждаем "Y" и вроде все летает.
Увы я не могу сказать по поводу переноса через Carbon Copy Cloner
а какую систему накатывали? (я пробовал capitan и majave) кэп работает по тестам немного быстрее