Если у вас на сервере исполняется что угодно от клиентов - стоит быть готовым, что это "что угодно" использует эксплойт с повышением прав до рута и похерит весь сервак.
Нет, правами на папки это не решается.
Эксплойты, пробивающие виртуализацию, тоже случаются, но реже, конечно.
Стоит локализовать проблему: что именно загружают клиенты на сайт и как это используется. Исходя из этого уже плясать дальше.
Например, если это исключительно мультимедия/документы/архивы - просто исключите возможность, что они будут каким-то образом обрабатываться на сервере.
Если же это полноценные сайты и клиенты загружают произвольные скрипты - ну, режьте возможности обработчика... и разделите права на папки, конечно.