по опыту могу сказать, очень много раз призывался как програмер для допиливания, доработок в существующие системы. и очень редко люди задумывались о безопасности, обычно отдают фтп + рули от хостера, т.е. сделать можно все что угодно... но могу так сказать, если программист опытный, то риск минимален.. я к примеру перед всеми правками делаю полный бекап все файлов, что подлежат правкам.