С точки зрения НЕ сео выскажусь - если у вас и регионы и города, то проектировать систему под URL
site.ru/vologda/ не очень практично, имхо. Дело в том, что в будущем, возможно, понадобится выводить по принципу "услуга регион", это урл
site.ru/vologda-region/. На этой странице будут все услуги региона и список городов вологодской области, провалившись в каждый из которых можно будет сделать выборку уже по городу, т.е. по урлу
site.ru/vologda-region/vologda/vologda-region.site.ru/vologda/
меня этот вопрос тоже интересует. Я вот не понимаю, почему много веб-сайтов делают региональность по принципу домена третьего уровня....