Конечно, Фрагменты актуальны и их актуальности ничего не угрожает. В данный момент распространён подход Single Activity, где активити всего одна, но много фрагментов.
Альтернативы Фрагментам есть: это использовать кастом View (подход весьма и весьма специфичный, без глубокого понимания темы не рекомендовал бы) или собственно работать напрямую с разными активити, без фрагментов.
Задепрекейтили только одну из реализаций Фрагмента, оставив суппорт-вариант. Он более гибкий и подходит для большего разнообразия версий Android, на которых будет работать ваше приложение.