Структура урлов должна совпадать с семантической структурой. Да, чем меньше директорий, тем лучше, но это далеко не самый важный критерий. Плюс учитывайте, что вам нужно будет сегментировать директории для аналитики. Так что если у вас есть запросы на
https://site.com/category/, и нет другого паттерна, по которому вы в дальнейшем сможете фильтровать url из этой директории, то лучше оставить эту директорию.