Потому что большинство мобильных браузеров не поддерживает его (выжирает батарею очень быстро). А всё больше и больше пользователей сидят в интернете через мобильные устройства, смысла от технологии, которая работает только от силы у половины посетителей, никакого.
Да и все основные современные десктопные браузеры тоже отключают флеш по дефолту и требуют дополнительных телодвижений для его включения (но если кому-то флеш нужен, они пока ещё предоставляют возможность его включить)