RewriteCond %{HTTP_HOST} ^sub\. [NC]
но ей будут удовлетворять и «поддомены поддоменов».
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^sub\.[^.]+\.[^.]+$ [NC]
или RewriteCond %{HTTP_HOST} ^sub(?:\.[^.]+){2}$ [NC]
но это если «корневой домен» — второго уровня ({2}), а не третьего, например.