ffmpeg -i audio.mp3 -i video.webm -c:v libx264 -c:a aac result.mp4
-i audio.mp3
указывает один из входов, файл со звуком;-i video.webm
ещё один вход, файл с видео;-c:v libx264
указывает видео кодек, которым жать видео дорожку;-c:a aac
аудио кодек, которым жать аудио.result.mp4
– куда сохранить результат.