Делайте так:
1. Создайте (спроектируйте!) свой сетевой класс для диалога с сервером (свой API).
2. И затем, сделайте возможность его работы как с Unity Network, Photon, так и с любым своим сервером.
Для своего сервера (например,
websocket.in) - любой сокет-сервер (можно веб-сокет, можно обычный - зависит от скорости обмена трафика и количества игроков).
И переключайте в зависимости от того, что удобнее (потестите, посмотрите).
Главное - ничего переписывать при любом выборе - не придётся.
И еще такой вопрос, нужно ли писать сетевой код с самого начала проекта или можно дописать когда уже будет что то готово?
Нужно создать модель состояний объектов и модель движения данных, сопоставить и понять точки, в которых Вы будете производить клиент-серверный обмен.