Сначала отмечу пару моментов:
1. Не храните в гите никаких производных от кода. То есть минифицированных скриптов, стилей и т.п. Они должны собираться из исходников на этапе билдинга и в них не должно внноситься никаких изменений - все изменения только в исходники.
2. Вы написали, что заказчик может редактировать css и т.п. Тут нужно понимать, что это не часть вашего приложения и вашего кода. Это уже пользовательские данные и в репозитории проекта им не место. Если у вас есть желание их версионировать - вы можете использовать для них свой git репозиторий.
> хочется иметь на проде только билд проекта - без исходников.
Есть много способов это сделать. Как вариант, вы можете иметь на проде репозиторий проекта и при деплое использовать его для билдинга конкретного экземпляра системы. Тогда на самом сервере у вас исходники будут, причем можно будет легко получить любую версию, поскольку это репозиторий, но в экземплярах системы - только то, что необходимо. Либо вы можете на CI сервере билдить проект и уже готовый передавать на сервер.
