Оно так выглядит, потому что линии имеют сглаживание (antialiasing) по краям.
Причин этому может быть множество: от того, что вы смотрите этот PDF не в масштабе 100% или того, какой формат используется для хранения изображения внутри PDF (их может быть множество разных), до того, как именно вы эти линии нарисовали (например, без выравнивания по пикселям или задав толщину не в целых пикселях, а в каких нибудь дробных пунктах).
Однако, фундаментальная причина - одна: эту задачу не нужно было решать в Photoshop, нужно - в Illustrator, потому что PDF лучше всего работает с векторными изображениями, а не с растром. (Что не означает, что там тоже можно ходить на голове с толщиной линий и ожидать идеального изображения.)