Какая есть книга про JS, о том как писать безопасный код, где описаны типичные ошибки новичков, с азов таких как т.н. "защита от дурака" и дальше, можно и на английском, или хотябы о том, какими функциями желательно не пользоваться, а каких избегать вообще раз и навсегда
есть книга Совершенный код
там есть глава, где описаны подходы безопасного программирования, и отдельно о проектировании и написанию кода, очень подходит для новичков в отличие от Чистого кода , хотя ее я тоже советую.
Каких функций js стоит избегать раз и навсегда? Всех - не будешь использовать, не сможешь сделать что-то плохое. Разрабы же дураки, понаделали непонятно чего лишнего, чего использовать не надо. Пишите свои функции, и будете уверены, что всё работает как надо.