Я не уверен, есть ли особенности у ИП, но обычно подписывается прайс на почасовые работы как приложение к договору, по окончании работ (можно хоть каждый день или раз в неделю или раз в месяц - как угодно) подписывается акт выполненных работ с указанием работ, часов и стоимости по прайс-листу, по окончании периода (например месяца) выставляется счет на оплату по договору.