получаешь необходимые элементы или подразделы с помощью GetList в ***.menu.php, формируешь их в виде массива
Array(
		"Пункт 1", 
		"/punkt1/", 
		Array("/punkt1/"), 
		Array(
			"FROM_IBLOCK" => 1,
			"IS_PARENT" => 1,
			"DEPTH_LEVEL" => 1
		)
	),
далее эти массивы (они же пункты меню ) мержишь в общий массив меню $aMenuLinks.
IS_PARENT , DEPTH_LEVEL дают тебе возможность манипулировать вложенностью