1. Рекомендую перейти на Figma. Для удаленной работы самое оно. Там мы делаем очень многое, все в одном месте, все flow, все wireframes, все дизайны. Удобные интеграции с элементами прототипирования, удобная интеграция с confluence для ведения документации для передачи разработчикам. Ну и drive, dropbox на выбор. Работал в довольно большой компании и оплаченного google drive для отдела дизайнеров из 15 человек хватало (причем делали и 3d, и анимации, и т.п.)
2. Типичное разделения обязанностей и ответственностей в формате senoir, middle и junior. Senior генерирует идеи, работаем с owners, менторит, принимает решения, строит stories, flow и т.п. все верхнеуровневое, если нужно, то какой-то концепт и т.п. все остальные перенимают опыт и делают текучку, проработк и добавляют все по надобности.
3. Мы работали по обыкновенному kanban и вроде бы все было хорошо.