Смотрите, все очень просто.
У вас есть база 1С определенной конфигурации. Поставщик (те, кто занимаются разработкой и тиражированием) регулярно делает обновления для исправления ошибок и/или развития функционала. Это обновление может или содержать всю новую конфигурацию в файле *.CF или только небольшой кусочек, от предыдущего состояния конфигурации в файле *.CFU
Но чаще Поставщик дает исполняемый файл, который является самораспаковываемым архивом, который копирует свое содержимое в "каталог шаблонов". Каталогом шаблонов по-умолчанию является путь C:\Users\User\AppData\Roaming\1C\1Cv82\tmplts где размещаются каталоги поставщиков, в которых находятся каталоги их программных продуктов, в которых находятся как сами шаблоны (пустые или заполненные демо-данными базы), так и обновления к ним. При желании, при установки шаблонов и/или обновлений путь можно изменить. Но тогда этот новый путь нужно будет указать в настройках окна со списком баз (что бы при создании новой базы, было понятно где искать шаблон), а так же в настройках поиска обновлений в конфигураторе.
Если вы находитесь в конфигураторе вашей базы 1С и хотите обновить ее конфигурацию, то вы запускаете обновление конфигурации из подменю Поддержки, где можете запустить автоматический поиск файлов обновлений в каталоге шаблонов (или на сайте поставщика), или явно указать путь к имеющимся файлам .CF или .CFU
После успешного обновления конфигурации в Конфигураторе нужно подтвердить обновление конфигурации в самой базе - без этого новые алгоритмы не будут работать, а таблицы в СУБД не изменять свою структуру.