Вы сами ответили на свой же вопрос))) При помощи условной логики.
Как с помощью условной логики wordpress отобразить скрипт на всех страницах кроме двух определенных?
При помощи условной логики. Но! Если вам нужно подключить скрипт на всех страницах, кроме двух конкретных, то вместо перечисления всех страниц, где они нужны, лучше перечислите те страницы, где они не нужны с "отрицанием".
if(!is_page(array(5,6))):
// подключаем скрипты и стили
endif;
Обратите внимание на !is_page() тут мы говорим, что если это не страницы с ID 5 или 6, то подключаем скрипты