Decadal, в каталоге vendor лежат все потроха платёжки Global Payment. Пока подключал её, было столько боли, что бекаплю в три слоя, лишь бы чего не потерялось.
Алексей, сабмодуль?
$ git add .
warning: adding embedded git repository: vendor/apache/log4php
hint: You've added another git repository inside your current repository.
hint: Clones of the outer repository will not contain the contents of
hint: the embedded repository and will not know how to obtain it.
hint: If you meant to add a submodule, use:
hint:
hint: git submodule add vendor/apache/log4php
hint:
hint: If you added this path by mistake, you can remove it from the
hint: index with:
hint:
hint: git rm --cached vendor/apache/log4php
hint:
hint: See "git help submodule" for more information.
И это натолкнуло на мысль посмотреть таки, что же там в этой папке vendor/apache/log4php. И там нашлась подпапка .git. То есть, платёжка Global payment тянет композером гит одной из зависимостей. Они... нехорошие люди. Прибил эту папку, и $ git status
On branch master
nothing to commit, working tree clean
Проблема решена.