Странно, был один ответ и я оставил под ним комментарий, а теперь нет ни ответа, ни комментария.
Оказалось, что проблема была в том, что в настройках апача надо было прописать
DirectoryIndex index.php
После этого виртуальных хост заработал и начал отдавать правильный index.php