Нужно использовать в запросе виртуальную таблицу ОстаткиИОбороты нужного вам товарного регистра. Не понятно, что такое сумма - это себестоимость с регистра партий или плановая стоимость по указанному типу цены? Но в общем, если смотреть только на количество, начинка отчета будет выглядеть так:
ВЫБРАТЬ
ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Склад КАК Склад,
ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Номенклатура КАК Номенклатура,
ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.КоличествоНачальныйОстаток КАК КоличествоНачальныйОстаток,
ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.КоличествоПриход КАК КоличествоПриход,
ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.КоличествоРасход КАК КоличествоРасход,
ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.КоличествоКонечныйОстаток КАК КоличествоКонечныйОстаток
ИЗ
РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.ОстаткиИОбороты КАК ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты
ИТОГИ ПО
Склад