Как можно убрать с URL отрезок адреса _https://site.com/index.php?id=stranica
в canonical отображается правильно по типу _https://site.com/stranica
В адресной строке тоже правильно, но иногда перебрасывает когда переходишь с ссылок с префиксом www. или http:// , то перебрасывает на нужную страницу, но появляется index.php?id=
И так еще раз более внимательно читаем
.HTACCESS читает сверху вниз!!! И применяется так же
Что ваши редиректы делают за ЧПУ ?
поставьте их за
# replace it with your subdirectory path
RewriteBase /