Если на диске ничего нужного нет то во время установке есть функция полностью стереть всё с диска, а так без разницы, но лучше вначале удалить как мне кажется кали, это уже не мне решать, там просто больше мороки если 2 одновременно ставить, а затем одну из них стирать. Если нужного ничего на диске нет, то форматируй, а вообще советую сделать загрузочную флешку с Kali, хотя еще проще можно все пакеты установить на Ubuntu.
