Каждый по разному воспринимает css.
В каких-то браузерах по дефолту идут отступы, где-то больше, где-то меньше. Такая хрень может быть для заголовков, например.
Некоторые фишки браузер может не поддерживать, например ие6 не держит margin: auto для блоков, или прозрачность.
А некоторые браузеры (ие) не всегда наследуют значения родителя-элемента, и это все надо прописывать отдельно. Шаманить и применять css хаки, что бы именно в этом браузере сделать так, как нужно.
У меня проблема только с ие. Вечно везде все ок, в ие ползет.
Когда в ие все ок я удивляюсь.
js не причем