в чем проблема того, чтобы создать разный header для разных страниц? Правда, шаблоны для них тоже нужно сделать.
Другой вариант к текущего header.php добавлять скрипты используя условные теги.
Например,
<?php if(is_page(ID-1)): ?>
<!-- google analytics 1 -->
<?php else if(is_page(ID-2)): ?>
<!-- google analytics 2 -->
<?php else: ?>
<!-- google analytics 3 -->
<?php endif; ?>