Очевидно вы имеете в виду
вот эту статью в документации Symfony.
Если прочитать текст более внимательно - то там не сказано что bundles теперь запрещены или не приветствуются. Речь идёт о том что bundles стоит использовать в том случае если вы хотите оформить часть своего кода в отдельный package который можно использовать и в других проектах. Основное же приложение теперь не стоит оформлять в виде bundle, а можно писать напрямую. Предлагается не складывать в
/src
кучу разных bundles, а иметь один общий код приложения, зависимый только от внешних packages (пусть даже написанных вами) которые устанавливаются через Composer.
Т.е. к примеру структура кода
подобная Sylius теперь не считается хорошей практикой.
Думаю что одна из причин такого изменения - переход на
Symfony Flex и автоматизированную поддержку регистрации / конфигурации bundles через
recipes.