У тебя в веб-сайте есть некий элемент, позволяющий залить файлы, его попытались ломануть, заливая шелл или бэкдор, а путь, куда заливать, не смогли нормально подобрать (либо какой-то из каталогов, открытый на запись, в настройках веб-сервера указывает на каталог базы данных, скорее всего и то и другое). Тебя спасло то, что сервер у тебя на линуксе, а атакующий пытался ломануть винды. Возможно, тебе взломали phpmyadmin-компонент (подобрали пароль, например). В общем жопа сайту, перезалей контент, обнови движок и забэкапь базу, и внимательно смотри конфиг веб-сервера, чтобы не было в нем посторонних каталогов, которые в принципе не должны светиться наружу.