Естественно осталось - отбивать запросы средствами веб сервера, в общем-то накладно.
Вопрос только в том, что н ашаред хостинге нет другой возможности, например резать атакующих фаерволом OS, или аппаратным фаероволом перед сервером. Соотвественно придётся смириться с этой нагрузкой.
Впрочем, если у вас перед Apache на хостинге стоит Nginx, и есть доступ к его конфигурации, что бывает на некоторых шаред хостингах, то фильтрацию выгонее будет перенести туда. Это заметно снизит нагрузку.