Из
git-book:
Предположим, вы хотите оставить config.xml нетронутым:
В бранче master:
Создайте файл .gitattributes в том же каталоге, указав в нем: config.xml merge=ours. Это подскажет git-у, какую merge-strategy он должен использовать, работая с этим файлом. В данном случае, он всегда будет оставлять вашу версию файла нетронутой, например, оставит его нетронутым в бранче devel, если вы будете в него мержить.
Добавьте (-a) .gitattributes и примените к нему commit
Для бранча devel повторите аналогичные действия. Попробуйте провести merge - указанные в .gitattributes файлы должны остаться нетронутыми.
Помогло?