sim3x,
1. одно другому не мешает
2. VeraCrypt может шифровать не только диски целиком, но и отдельные файлы или папки
3. если что-то случится с установленной Убунтой (например, прилетит обновление, после которого система перестанет загружаться), то при стандартном шифровании будет крайне проблематично восстановить свои данные (переустановка не поможет), а при VeraCrypt можно будет загрузиться с флэшки, скопировать файл и раскодировать его на любом компе