Не совсем понятно в каких там условиях может из-за кеширования опкода не обновляться и какой стек технологий, но чтобы избавиться от акселератора на поддомена и его оставить для основного домена нужно для поддоменов на веб-сервере (reverse-proxy) направлять трафик на другую версию php собранного без этого расширения (XCache?)