"... аудиту безопасности информационных систем"
Уточни плз - Аудит ИБ компаний, либо всетаки Аудит ИБ отдельно взятых ИС?
Если первое тогда,
Трудность №1 - Отсутствие внятной Программы\Политики Информационной Безопасности (ПИБ) в компании.
ибо в ней как раз и должно быть описано то что собственно должны Проверять Аудиторам, и что ожидается получить в итоге.
Без наличия ПИБа, аудиторы превращаются в Тестеров на Проникновение. Типа "Пойти туда не знаю куда, найдти какуюто ХХХ уязвимость - не знаю какую (нам пофиг, лишь бы отчитаться)".
Трудность №2 - отсутствие поддержки\понимания Высшего Руководства компании в вопросах ИБ в первую очередь, в вопросах Аудита - во вторую.
Почитай например книгу -
Vladimirov, A., Gavrilenko, K., and Michajlowski, A. Assessment Information Security: Strategies, Tactics, Logic and Framework IT Governance, Cambs, GBR.