Снимите tcpdump-ом дампы на freepbx в сторону провайдера + в сторону IP-телефона.
Команды примерно такие
tcpdump -i eth0 -n -s0 -w 'host 1.2.3.4' -w /tmp/to_provider.pcap
tcpdump -i eth1 -n -s0 -w 'host 192.168.12.34' -w /tmp/to_ipphone.pcap
где eth0 - в сторону провайдера 1.2.3.4
eth1 - в сторону IP-телефона 192.168.12.34.
Тампы нужно снимать одновременно: запустить, совершить вызов, остановить.
Потом откройте оба дампа в Wireshark, там меню Telephony - SIP Flows. Откроется окно, в нем можно будет послушать сам вызов, сравнить что идет от провайдера, что идет на телефон.
В зависимости от этого уже искать проблему.