Может в формате Base64. В том же xml-файле. Если конфигурация типовая, то там есть общий модуль ПрисоединенныеФайлыСлужебный. Как пример вызова процедуры из модуля:
ПрисоединенныеФайлыСлужебный.ЗаписатьФайлВИнформационнуюБазу(Объект.Ссылка, Объект.ФайлХранилище.Получить());
А так, лучше смотреть в сторону обмена данными. Если настроишь выгрузку в нужном формате, а так же обмен при появлении файла. То думаю заработает.