файл a.vbs
Set WshShell = CreateObject("WScript.Shell")
WshShell.Run "notepad.exe", 0
Set WshShell = Nothing
запускать wscript //nologo a.vbs
ну или делайте это из вашей программы, запуск приложений - простейшая операция на любом языке.
p.s. так же вы можете используя win32 библиотеки (подключить которые можно и из дельфи) найти нужное окно по заголовку или идентификатору и скрыть его, указав новые параметры. Читать доки, давно это было, не вспомню уже.