Очень мало информации для постановки диагноза.
Предполагаю, что у вас есть физическая неисправность жёсткого диска, раз с помощью fsck временно проблема уходит.
Для начала протестируйте диск, например, с помощью viktoria на наличие сбойных секторов.
А так же напишите название дистрибутива Linux, предоставьте логи неудачной загрузки, какие ошибки фиксит fsck.