Не раз выбирал CRM и issue/bug tracker для разных проектов.
Если нужна CRM для отдела продаж, то нет ничего лучше Sales Force, на мой взгляд, но это очень дорого (около 50$ в месяц с человека). Есть великолепная альтернатива - SugarCRM. Если устанавливать на свой сервер, то платить ничего не надо. Русскоязычная версия, большая часть функционала дублирует Sales Force, удобные отчеты для руководства, тяжело увести базу, можно отправлять письма с сайта на основе заполнения шаблонов данными клиентов (это очень много времени экономит даже по сравнению с шаблонами в GMail), автоматическое определение заинтересованности клиента на основе его поведения, интеграция с сервисами рассылок (чтобы присылать информацию о скидках и отслеживать отлики), при покупке Premium-версии можно использовать мобильные приложения, умеет стимулировать продажников выполнять план, показывая сколько еще нужно сделать звонков и других действий, чтобы заработать нужную сумму для компании (и сколько они с этого получат).
Остальные мне известные CRM уступают по функционалу, но дизайн SugarCRM специфический и использовать для других отделов компании я бы не рекомендовал.
Из bug/issue-трекеров сейчас мне наиболее нравятся следующие:
JIRA
YouTrack от JetBrains
OnTime
TargetProcess
Перечислил в порядке удобства использования. Для JIRA очень много плагинов и можно настроить его как угодно. Очень удобен как для разработки, так и для других отделов (включая саппорт, но исключая продажников). Остальные подходят больше для разработки, но можно ставить задачи и другим отделам. У всех есть Agile Board со всем сопутствующим функционалом, что очень удобно для планирования итераций и визуальной оценки статуса проекта. Хотя если последнее вам не особо требуется, то можно использовать почти любой трекер - Basecamp и т.д.
Совсем не рекомендую Track и RedMine, хотя последний лучше, но все же GUI там часто сильно напрягает, а трекер должен быть максимально удобен или вместо пользы будет приносить раздражение команде.
Если подвести итог, то советую использовать SugarCRM для отдела продаж и JIRA/YouTrack для управления проектом, третинга багов и т.п. Не стоит искать одно идеальное решение - задачи слабо пересекаются, лучше использовать для этих двух групп профессиональные инструменты.